Wybuch Powstania zastał Eryka Lipińskiego na Saskiej Kępie, skąd nie mógł już powrócić do swojego mieszkania w lewobrzeżnej Warszawie przy ulicy Chmielnej. Zatrzymał się więc w domu przyjaciół Zofii i Bohdana Chądzyńskich na Saskiej Kępie. Wkrótce jednak Niemcy przeprowadzili na Saskiej Kępie obławę. Aresztowani, wśród nich Eryk Lipiński, zostali skierowani na teren koszar przy ulicy 11 Listopada, które w wydanych w 1990 roku „Pamiętnikach” nazywa obozem przejściowym:

Obóz ten dobrze zapamiętałem. Opuszczone przez jeńców radzieckich drewniane baraki nie nadawały się do zamieszkania. Takiej ilości pluskiew w życiu nie widziałem. Nie tylko prycze, ale nawet stoły i taborety robiły wrażenie, że się ruszają. Oczywiście spędzenie nawet jednej nocy z milionami wygłodniałych insektów było nie do pomyślenia. Wobec tego wszyscy ułożyli się do snu w rowach przeciwlotniczych, większość po prostu na gazetach, tylko niektórzy na kocach.

Z koszar każdego dnia wywożeni byli do przymusowej pracy na Żerań. Po około tygodniu grupa mężczyzn została wywieziona do Niemiec, a Erykowi Lipińskiemu, który ukrył się na strychu jednego z zabudowań, udało się uniknąć wywózki. Po wydostaniu się z terenu koszar udał się ponownie na Saską Kępę do mieszkania znajomego, malarza i grafika Jacka Żuławskiego przy ulicy Saskiej 91, ale następnego dnia niemieckie oddziały znów otoczyły okolice Saskiej. Tym razem wszystkich wysiedleńców zaprowadzono na Dworzec Wschodni.

W obozie

Do obozu w Pruszkowie trafił w drugiej połowie sierpnia. Został zakwalifikowany jako zdolny do pracy i umieszczony w hali nr 6, spod której odchodziły transporty do obozów koncentracyjnych i na roboty do III Rzeszy. O tym, w jaki sposób uniknął wywiezienia z Dulagu, wspomina w „Pamiętnikach”:

W pewnym momencie zobaczyłem, że przez hale pędzi jak burza orszak biało ubranych ludzi, a na czele całej tej grupy maszeruje Zula. Zulą nazywali przyjaciele Kazimierę Drescherową, żonę doktora Edwarda Dreschera. Udało mi się zatrzymać jedną z biało ubranych pań i wręczyć kartkę z nazwiskiem, prosząc o dostarczenie jej Zuli. Po kilkunastu minutach siostra wróciła, podała mi ukradkiem opaskę z czerwonym krzyżem i poleciła, abym wraz z drugim „sanitariuszem” wyniósł z hali nosze z chorym. Plecak i jesionkę obiecała przynieść mi później. „Chorym” okazał się Jerzy Pichelski, który znakomicie odegrał swoją rolę, a naszą opiekunką była Ola Graczykowska, dziś pani doktor Aleksandra Graczykowska. Po serdecznym przywitaniu Zula zaprowadziła mnie do oficerów – lekarzy niemieckich – doktora Adolfa Königa i doktora Petera Klennera, mówiąc, że jestem jej przyjacielem. Obydwaj, uśmiechali się nieco dwuznacznie, ale zostałem zaangażowany jako krankenträger (pielęgniarz) w obozie Dulag 121.

Pierwsze kilka dni pracował na terenie obozu, ale nie mógł opuścić jego murów z powodu braku przepustki – wydawanego pracownikom dokumentu umożliwiającego swobodne poruszanie się po obozie i jego opuszczanie. Po jego otrzymaniu Eryk Lipiński przeniósł się do domu Wandy i Zbigniewa Mitznerów w Komorowie, a na terenie Dulagu 121 pracował tylko za dnia. Początek swojej pracy opisuje w żartobliwy sposób w „Pamiętnikach”:

Kiedy zorientowałem się w mechanizmach rządzących obozem, postanowiłem działać. Najpierw założyłem organizację podziemną, składającą się ze mnie i sierżanta Wehrmachtu, który oczywiście nawet nie podejrzewał, że do niej należy. Następnie wykradłem lekarzom niemieckim kolorowe ołówki (mieli ich spory zapas w szufladzie), którymi podpisywali listy chorych, po czym nauczyłem się podrabiać ich podpisy, co jako grafikowi nie sprawiło mi większej trudności. Dostałem jeszcze od doktora Andrzeja Garwicza spis rozmaitych chorób po łacinie i przystąpiłem do działania.

Jego specjalnością było wynajdywanie wśród tłumu wysiedlonych osób ze świata kultury i ułatwianie im opuszczenia obozu. Do najbardziej odważnych posunięć należało sporządzanie list fikcyjnie chorych, na których dodatkowo Lipiński podrabiał podpisy niemieckich lekarzy z obozowej komisji lekarskiej. Taka spreparowana lista była następnie zanoszona do tzw. „zielonego wagonu” – siedziby obozowego Gestapo – przez jedną z pielęgniarek bądź sanitariuszek. Po otrzymaniu podpisanej i uwierzytelnionej przez funkcjonariusza Gestapo fałszywej listy, Eryk Lipiński wyprowadzał grupę „chorych” na zewnątrz. Sprawę dodatkowo ułatwiał fakt, że strażnikiem sprawdzającym przy bramie zgodność wyprowadzonych osób z pozycjami figurującymi na liście, był przychylny mu żołnierz Wehrmachtu. Sam Lipiński dbał o jego przychylność, codziennie racząc go wódką. Szerzej o obranych metodach pracy w obozie pisze w „Pamiętnikach”:

Kiedy przybywał nowy transport zjawiałem się w hali, gdzie brano mnie za lekarza i zgłaszano się z różnymi dolegliwościami. Ale ja nie zajmowałem się prawdziwymi chorymi, wiedziałem, że i tak będą zwolnieni. Szukałem tych, którym należało pomóc i nielegalnie wyciągnąć z obozu. Sporządzałem więc listy fikcyjnie chorych w ukryciu ozdabiałem je podpisami niemieckich lekarzy, potem prosiłem jedną z koleżanek, aby zatwierdziła je w Grünewagen [niem. „zielonym wagonie”]. […] Oczywiście korzystałem z pomocy znajomych sióstr, do których mogłem mieć zaufanie. Toteż poza Zulą Drescherową współpracowałem z Marysią Kwaśniewską-Maleszewską, naszą znakomitą oszczepniczką, z piękną, rudowłosą Hanką Chomiczową, której ojca dobrze znałem, i z wieloma innymi siostrami. […] Dzięki tym machlojkom udało mi się wyciągnąć z obozu Tadeusza Brezę i jego żonę Zofię. Breza „chorował” na ciążę pozamaciczną. Doktor Garwicz był ginekologiem i większość podanych przez niego chorób wynikała z jego specjalności, w czym się oczywiście nie orientowałem. Marian Wyrzykowski figurował na mej liście jako Maria Wyrzykowska. Tadeusz Trepkowski miał jakoby lat 80, a Barbara – 9. Po prostu staruszek z wnuczką. Po podpisaniu listy przez gestapo Marię Wyrzykowską przerobiłem na Mariana Wyrzykowskiego. Trepkowskiego połowę osiemdziesiątki wytarłem gumką i miał lat trzydzieści, a jego żonie dopisałem dwójkę – miała teraz dwadzieścia dziewięć lat – i wszystko zgadzało się z kenkartą.

Erykowi Lipińskiemu udało się pomóc wielu osobom z polskiego świata artystycznego i literackiego, m.in. aktorkom Elżbiecie Barszczewskiej (1913-1987), Zofii Małynicz (1905-1988) i Janinie Niczewskiej (1908-1963), grafikowi, malarzowi i ilustratorowi Tadeuszowi Gronowiczowi (1894-1990), aktorowi i satyrykowi Edwardowi Dziewońskiemu (1916- 2002), rysownikowi Antoniemu Uniechowskiemu (1903-1976), aktorowi i pisarzowi Jerzemu Zawieyskiemu (1902-1969), dwukrotnie reżyserowi Antoniemu Bohdziewiczowi (1906-1970, w czasie Powstania szefowi zespołu operatorów Powstańczej Kroniki Filmowej, który Warszawę opuszczał po kapitulacji Powstania), reżyserowi Wilamowi Horzycy (1889-1959) i jego żonie Stanisławie (w obozie znaleźli się na początku września po upadku Starego Miasta), córce Stefana Żeromskiego malarce Monice Żeromskiej i jej matce Annie Żeromskiej, a także profesorowi geologii Waleremu Goetlowi (1889-1972). To również Eryk Lipiński miał odnaleźć na terenie obozu byłego prezydenta Polski, Stanisława Wojciechowskiego i jego żonę Marią i skierować ich do Kazimiery „Zuli” Drescher, która za pośrednictwem komisji lekarskiej uzyskała dla nich zwolnienie z obozu. W przekazanym Muzeum Powstania Warszawskiego zbiorze obozowej korespondencji Kazimiery Drescher zachowała się adresowana do niej karteczka autorstwa Eryka Lipińskiego z informacją o losie pisarza Stanisława Dygata i pana Tarasiewicza oraz prośbą o interwencję w sprawie Juliusza Saloniego.